溃疡性结肠炎需要与其他原因引起的肠道炎症或损伤，如感染性肠炎、阿米巴肠病、肠道血吸虫病、克罗恩病、结直肠癌、肠易激综合征等，相互鉴别诊断。
1、感染性肠炎
患者有进食不洁食物史或疫区接触史。常急性起病，伴发热和腹痛。该病具有自限性（病程一般为数天至1周，不超过6周可自愈），抗菌药物治疗有效；粪便检出病原体可确诊。
2、阿米巴肠病
是由于溶组织阿米巴原虫寄生于结肠内引起的疾病，患者往往有不洁食物史或疫区接触史。特征是果酱样粪便，结肠镜下见溃疡较深、边缘潜行，溃疡间的黏膜外观正常，从粪便或组织中找到病原体可以确诊。
3、血吸虫病
有疫水接触史，常有肝脾大。粪便检查见血吸虫卵或孵化毛蚴阳性可确诊。急性期结肠镜下可见直肠、乙状结肠黏膜有黄褐色颗粒，活检黏膜压片或组织病理学检查见血吸虫卵。
4、克罗恩病
有腹泻，但脓血便较少见，多伴有腹痛，病变分布为阶段性而非连续性，发病部位以结肠为主，肠镜下可见黏膜呈鹅卵石样，病变与病变之间的黏膜正常。
5、结直肠癌
多见于中年以后，直肠癌病人经直肠指检常可触到肿块，结肠镜及活检可确诊。
6、肠易激综合征
粪便可有黏液但无脓血，显微镜检查正常，粪便隐血试验阴性，粪钙卫蛋白浓度正常。结肠镜检查没有器质性病变证据。